Zakład Ochrony Wód istnieje w strukturach Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu od 1 grudnia 1990 roku. Wcześniej funkcjonował w Instytucie Gospodarki Przestrzennej i Komunalnej Oddział w Poznaniu (IGPiK) pod nieco dłuższą nazwą Zakład Użytkowania i Ochrony Wód Powierzchniowych. Przejęty został przez UAM wraz z całą kadrą i wyposażeniem, pozostając na kolejnych 16 lat w dawnych pomieszczeniach przy ul. Drzymały 24. IGPiK był placówką badawczą podległą Ministrowi Ochrony Środowiska i Administracji. Wcześniej nosił nazwę Instytut Kształtowania Środowiska (IKŚ), a przed rokiem 1982 –  Instytut Gospodarki Komunalnej (IGK). W ramach tej ostatniej struktury Zakład został wyodrębniony w 1970 roku, kiedy przekształcono Zakład Badawczy IGK w Poznaniu w Oddział IGK. Problematyką ochrony wód zajmowano się również wcześniej, w zasadzie od momentu powołania Zakładu Badawczego 1 października 1952 r., który wówczas otrzymał nazwę Zakładu Badawczego Ochrony Wód przed Zanieczyszczeniem w Poznaniu. Pierwszym kierownikiem Zakładu był prof. Stanisław Kołaczkowski. Nowym Zakładem Użytkowania i Ochrony Wód Powierzchniowych kierował najpierw doc. dr hab. inż. Alojzy Jankowski, a po jego przejściu na wcześniejszą emeryturę w 1982 r. dr Grażyna Rozmiarek. Od 1983 r, funkcję tę przejęła dr Halina Szyper, a od włączenia Zakładu w struktury Uniwersytetu – prof. Marek Kraska. W roku 2006 Zakład Ochrony Wód przeniósł się do nowej siedziby w Collegium Biologicum na Morasku. Od 2007 kierownictwo Zakładu objął prof. Ryszard Gołdyn, a od 2017 – dr hab. Piotr Klimaszyk.

W latach 50-tych głównym zadaniem Zakładu było opracowanie wytycznych do klasyfikacji wód powierzchniowych. Wytyczne te już w 1955 r. były referowane na forum ONZ w Genewie. W oparciu o nie Zakład sklasyfikował po raz pierwszy 15 rzek w Polsce Zachodniej, nie tylko określając stopień zanieczyszczenia lecz również podając przyczyny i środki zaradcze. Przez trzy lata wraz z przedstawicielami NRD prowadzono badania rzek granicznych, które odbywały się w trakcie okresowych spływów statkiem-laboratorium. W latach 60-tych większy nacisk położono na badania związane z wodociągowym zaopatrzeniem ludności w wodę oraz nowymi technologiami oczyszczania ścieków, w tym przemysłowych. Dzięki badaniom Zakładu poprawie uległa jakość wody wodociągowej w wielu miastach w Polsce, gdyż terenem działalności był cały kraj. W latach 70-ych nowy Zakład Użytkowania i Ochrony Wód Powierzchniowych zajmował się wyłącznie problematyką hydrobiologiczno-ściekową, choć w dalszym ciągu pod kątem zaopatrzenia wodociągowego. Problematykę techologii uzdatniania wody przejął nowy Zakład Uzdatniania Wody, wodami podziemnymi zajmował się Zakład Ujęć i Ochroony Wód Podziemnych, zaś metodami badań zajmowała się Samodzielna Pracownia Metodyki Badań. Wśród głównych zadań badawczych Zakładu było ustalanie przyczyn złej jakości wody na ujęciach wodociągowych z rzek i jezior oraz ustalanie sposobów jej poprawy. Po zmianie IGK w Instytut Kształtowania Środowiska poszerzeniu uległ zakres badan Zakładu. Oprócz zaopatrzenia wodociągowego w polu zainteresowań znalazły się różnorodne problemy związane z oddziaływaniem człowieka na ekosystemy wodne, np. wpływ retencjonowania wód rzecznych w zbiornikach zaporowych, wpływ podpiętrzania jezior, wpływ rekreacji, wpływ zanieczyszczeń przestrzennych, ze szczególnym uwzględnieniem rolnictwa, wpływ zrzutu wód pochłodniczych, itp. Rozwiązywane były też problemy ochrony tych ekosystemów przed negatywnymi skutkami antropopresji, polegające na rozpoznaniu źródeł zanieczyszczeń, tworzeniu stref ochronnych, poprawie technologii oczyszczania ścieków, a nawet koszeniu roślinności wodnej w celu zmniejszenia stopnia zeutrofizowania jezior. Zajmowano się też mikrobiologią wód, gdyż do Zakładu przyłączona została Pracownia Mikrobiologiczna.

Po włączeniu Zakładu w struktury UAM długololetnim kierunkiem badań było funkcjonowanie ekosystemów jezior lobeliowych w Polsce. Przebadano wszystkie jeziora lobeliowe w kraju, wiele z nich dwukrotnie, określając ich zmienność, tempo zachodzących zmian, przyczyny degradacji wielu z nich. W badaniach uwzględniano fizyczno-chemiczne wskaźniki jakości wody, roślinność oraz fitoplankton. Oceniano też rolę zlewni w funkcjonowaniu ekosystemu jeziornego. Innym problemem badawczym było ustalenie zmian jakości wody rzecznej w wyniku przepływu przez małe, nizinne zbiorniki retencyjne. Już na początku lat 90-tych rozpoczęto badania nad rekultywacją jezior, wykorzystując biomanipulację, czyli ingerując w sieć troficzną ekosystemu. Były to jedne z pierwszych doświadczeń w kraju. Po roku 2000 nawiązano współpracę z Akademią Rolniczą (obecnym Uniwersytetem Przyrodniczym) w Poznaniu i firmą AERATOR, włączając się w nowatorskie metody rekultywacji jezior.