Aktualnie Zakład uczestniczy w planowaniu zabiegów rekultywacyjnych w oparciu o szczegółową charakterystykę ekosystemu, a następnie analizuje zmiany zachodzące w ekosystemie pod wpływem podejmowanych działań naprawczych. Pracownicy Zakładu są współautorami nowych metod rekultywacji, a także patentowych zastrzeżeń niektórych pomysłów. Nowe podejście nazwane zrównoważoną rekultywacją zyskuje coraz większe uznanie zarówno w kraju, jak i w świecie. Ważnym kierunkiem badawczym było ustalenie wytycznych do działań ochronnych dla ekosystemów wodnych położonych na terenach chronionych (parki narodowe, rezerwaty przyrody, obszary Natura 2000). Osobnym zagadnieniem jest badanie funkcjonowania małych zbiorników wodnych, w zależności od sposobu użytkowania terenu zlewni, morfometrii zbiornika, hydrologii, użytkowania rybackiego itp. Badane są różne elementy ekosystemu – jakość wody, zooplankton, fitoplankton, peryfiton, makrofity, osady denne – a także zależności między nimi. Określana jest ich rola w krajobrazie, a także wpływ na zachowanie różnorodności flory i fauny na danym obszarze. Warto wspomnieć też o innych kierunkach badań prowadzonych w Zakładzie: wpływie kolonii kormorana na jakość wód, roli pikoplanktonu w ekosystemie jeziornym, znaczeniu gatunków inwazyjnych w fitoplanktonie, wpływie allelopatycznego oddziaływania hydromakrofitów na fitoplankton, czy przenikaniu światła w różnego typu jeziorach. Większość z nich jest kontynuowanych, zapewniając wielowątkowość badań, co podobnie jak różnorodność w ekosystemie, wpływa na stabilną, wysoką rangę Zakładu na mapie hydrobiologicznej Polski.